Journées Thématiques Bioinformatique

Dans le cadre de l'animation de Ouest-Genopole, le projet de binformatique (Symbiose) de l'Irisa organise des journées thématiques à destination des biologistes et informaticiens du Grand-Ouest.

Après-midi thématique séquences de régulation transcriptionnelle

• Maximilian Hauessler (MSNC, Gif/Yvette)

  How to use motif analysis to predict binding sites in eucaryotes: Benchmarks of algorithms and some well-known applications.

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• Jean Philippe Vert (Ecole des Mines de Paris, Centre for Computational Biology)

  Kernels for gene regulatory regions

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• Jean Imbert (Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille – INSERM U599)

  Analysis and annotation of the transcriptional regulatory sequences of higher eukaryotes: the point of view from the wet lab

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Support de présentation de Maximilian Hauessler

(Rennes 11-01-07 MH.pdf - 373.08 Ko)

Support de présentation de Jean-Philippe Vert

(Rennes 11-01-07 JPV.pdf - 351.10 Ko)

Support de présentation de Jean Imbert

(Rennes 11-01-07 JI.pdf - 4.86 Mo)

Résumé long de la présentation de Jean Imbert

(Abstract JI Genopole Ouest 2007.pdf - 24.26 Ko)

Liens

Comment venir à l'IRISA

Réseaux booléens et automates cellulaires en biologie moléculaire

Exposés publics de la réunion de l'ACI VicAnne (http://vicanne.inrialpes.fr/). L'inscription est gratuite, mais obligatoire. Envoyez une demande à pveber [AT] irisa.fr

Liens

Programme et aspects pratiques

Séminaire du projet Symbiose

Séminaire de bioinformatique de l'Irisa. Le public est constitué du projet symbiose et de différents membres de l'Irisa.

Lieu des séminaires :

INRIA Rennes - Bretagne - Atlantique

Combining discrete abstraction and model checking for the analysis of partially-known models of natural and synthetic gene networks.

• Grégory Batt (Center for Information and Systems Engineering and Center for BioDynamics, Boston University.)

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Recherche de motifs 3D dans les structures protéiques et alignements structuraux

• Joël Pothier (ABI, Paris 6)

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Présentation du projet E-stress : Vers une biologie prédictive du stress bactérien

• Frédérique Hubler ( UMR 6061 - CNRS- Université de Rennes 1)

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Inférence grammaticale polynomiale de langages hors-contextes

• Rémi Eyraud (EURISE, Univ. de St Etienne)

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An introduction to client/server bioinformatic application development with GeneHuggers

• Jason S. Iacovoni (INSERM U858, Toulouse)

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Using graphs for inferring RNA patterns

• Stéphane Vialette (LRI)

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Conception d'un modèle Web sémantique appliqué à la génomique fonctionnelle

• Fleur Mougin (Laboratoire d'Informatique Médicale, CHU - Pontchaillou)

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Modeling protein evolution with a non-stationary mixture of Markovian processes of substitution

• Samuel Blanquart (CNRS, LIRMM, Montpellier)

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Rencontre Symbiose-AFSSA

Rencontre initiée avec Yannick Blanchard de l'Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments

• Yann Moalic (AFSSA)

  Détermination du profil d’intégration du Rétrovirus Endogène Porcin dans le génome de cellules humaines

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Modèle formel pour les réseaux de régulation génétique et influence des circuits de rétroaction

• Adrien Richard (Helix (INRIA))

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Interprétation de données de séquençage de novo obtenues à grande échelle en protéomique d'organismes non séquencés

• Ingrid Jacquemin (INRA, Nantes)

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Fabrice Legeai (INRA, Symbiose)

• La plate-forme bioinformatique pour la génomique des Insectes

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Olivier Collin (IRISA, Symbiose)

• Les mimivirus

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Jérémie Bourdon (LINA, Nantes)

• Propriétés moyennes dans des graphes probabilisés: recherche de motifs et réseaux de gènes

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Guillaume Launay (Ecole Polytechnique)

• Etude théorique des interactions entre protéines

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Damien Eveillard (LINA, Nantes)

• Modélisation par contraintes des systèmes métaboliques : applications in silico, in vivo et in situ

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Presentation.pdf

(Rennes_2007.pdf - 5.32 Mo)

Organisé par l'IRMAR: Groupe de Travail: Application des mathématiques en biologie

Contact : ovidiu.radulescu@univ-rennes1.fr

Ovidiu Radulescu (IRMAR)

• Modèles hiérarchiques en biologie systémique

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Jean Clairambault (INRIA Rocquencourt)

• Modélisation mathématique de la prolifération cellulaire et de son contrôle, et sa signification médicale.

Anne Siegel (IRISA, Symbiose)

• Règle de cohérence au sein d'un réseau biologique: démonstration et exploitations

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Alessandra Carbone (INSERM U511, Paris)

Autres manifestations

Diverses manifestations portant sur la bioinformatique à Rennes et aux alentours

Journée ReNaBi

Mise à jour des banques de données biologiques

5eme journée autour de la plate-forme bio-informatique Genouest

Liens

Programme et organisation

Mini-Colloque Master 2 Bioinformatique

Philippe Veber (Soutenance de Thèse)

• Modélisation grande échelle de réseaux biologiques :vérification par contraintes booléennes de la cohérence des données

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