Joël Pothier (ABI, Paris 6)

Une description adéquate de la structure des protéines en coordonnées géométriques internes peut se combiner avec des algorithmes de recherche de répétitions ou d'alignements, appartenant au domaine de l'algorithmique sur les mots en informatique. Cette combinaison permet d'obtenir des méthodes efficaces par rapport aux méthodes traditionnelles, où l'on utilise une représentation "atomique" de la structure protéique. Ici, la structure des protéines est décrite comme un texte ou une séquence. Ce séminaire vise à exposer plusieurs de ces méthodes et algorithmes - mis en ¦uvre à l'Atelier de BioInformatique - de recherche de sous-structures similaires dans deux ou plusieurs structures de protéines simultanément, en utilisant les coordonnées internes (angles ou distances entre atomes) de ces protéines. Ces méthodes sont utilisées dans des problèmes de recherche rapide de structures sur banque, d'alignements multiples et de recherche de duplications structurales intra-protéiques.

D'autre part, on essaiera de montrer que cette vision alternative de la structure est pertinente du point de vue de l'évolution et de la classification des structures protéiques, et on replacera cette recherche dans l'objectif plus ambitieux de la reconnaissance de repliements protéiques à partir de la séquence, car ce travail doit permettre une définition de l'ossature commune ou « coeur structural » des familles protéiques.