Détermination du profil d’intégration du Rétrovirus Endogène Porcin dans le génome de cellules humaines

Yann Moalic (AFSSA)

Dans le cadre de projets de greffes chez l’homme utilisant le porc comme source d’organes (projet de xénogreffes), il existe des interrogations quant à la transmission possible du rétrovirus endogène porcin (PERV).
En effet, la capacité du PERV à infecter des cellules humaines in vitro a été démontrée et ainsi, lors de xénogreffes, le risque du passage à l’homme (zoonose) ne peut plus être exclu.
Le PERV, comme tous les rétrovirus, possède un cycle de vie nécessitant une étape particulière irréversible; l’intégration de son génome dans les chromosomes de la cellule hôte.
Dans le but d’estimer le risque mutagène lié à l’intégration du PERV nous avons caractérisé son profil d’intégration dans le génome humain ex-vivo.
Dans ce travail, l’analyse des sites d’intégration du PERV est réalisée sur de l’ADN génomique extrait à différents temps post-infection. Les sites sont clonés après capture par une LM-PCR associée à une purification par couplage biotine-streptavidine des séquences d’intérêts.
De cette manière, plus de 1860 sites d’intégration du PERV dans le génome humain ont été caractérisés. Les données obtenues ont été comparées à celles d’autres rétrovirus (MLV, HIV et ASLV) afin de dresser le profil d’intégration du PERV. Ainsi, avec 44% d’intégration dans des unités de transcription, son profil est plus proche du MLV (40%) que du HIV (70%). De plus, le PERV présente la particularité de s’intégrer préférentiellement et de façon plus significative que le MLV dans des zones proches des îlots CpG (éléments de régulation de la transcription) et des sites de départ de la transcription.
L’analyse des bases encadrant ces sites d’intégration révèle la présence de bases préférentielles (jusqu’à deux fois la valeur attendue) formant un palindrome.
Enfin, l’activité transcriptionnelle des lignées cellulaires infectées montre que l’intégration du PERV se dirige vers des zones proches de gènes qui sont moyennement exprimés. Ceci est également vrai pour le MLV alors que le HIV présente un affinité plus importante pour les gènes plus fortement transcrits.
Ce travail participe à la compréhension de l’intégration rétrovirale in vitro et permet de mieux évaluer le potentiel zoonotique de ce rétrovirus.

Mots clés : PERV, Zoonose, Intégration rétrovirale.