Journées Thématiques Bioinformatique

Dans le cadre de l'animation de Ouest-Genopole, le projet de binformatique (Symbiose) de l'Irisa organise des journées thématiques à destination des biologistes et informaticiens du Grand-Ouest.

Demi-journée thématique : variabilité

• Anne Lopes (CEA)

  Prédiction des assemblages macromoléculaires à partir de la détection d'évenements de coévolution à leur interface

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• Jean - Jacques Kupiec (ENS, Paris)

  L'origine des individus

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• Nicolas Voyer (Mitsubishi R&D)

  Simulations numériques et généralisation du modèle de > développement cellulaire par hasard-sélection

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Journée thématique : nouveaux séquenceurs (NGS)

• Thomas Le Calvez (Univ. rennes 1)

  10h - Diversité et fonction(s) des champignons en écosystème hydrothermal. Reconstructions métaboliques par analyse métagénomique

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• Eric Rivals (LIRMM, Montpellier)

  11h - Estimation of sequence errors and prediction capacity in transcriptomic and DNA-protein interaction assays

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• Patrick Wincker (Genoscope CEA)

  13h45 - Expérience avec les Nouvelles Technologies de Séquençage au Genoscope

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• Pierre Taberlet (Laboratoire d'Ecologie Alpine, Grenoble)

  14h45 - Barre-codes ADN, biodiversité, échantillons environnementaux, et nouvelles techniques de séquençage

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• Peter von Dassow (Station Bio Roscoff)

  16h15 - Use of normalized Sanger sequenced libraries and non-normalized 454 libraries to study the haploid and diploid lives of the coccolithophore Emiliania huxleyi

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Transparents Éric Rivals

(Rivals.pdf - 891.21 Ko)

Transparents Pierre Taberlet

(Taberlet.pdf - 20.22 Mo)

Transparents Peter Von Dassow

(VonDassow.pdf - 40.67 Mo)

Transparents Patrick Wincker

(Wincker.pdf - 1.97 Mo)

Séminaire du projet Symbiose

Séminaire de bioinformatique de l'Irisa. Le public est constitué du projet symbiose et de différents membres de l'Irisa.

Lieu des séminaires :

INRIA Rennes - Bretagne - Atlantique

Fabien Tarissan (LIX, Ecole Polytechnique)

• Méthodes formelles pour la modélisation des réseaux d'interaction

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Sylvain Sené (LIRIS, Lyon 1)

• Robustesse environnementale dans les réseaux d'automates - Application à la biologie

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Djomangan Adama Ouattara (Université Libre de Bruxelles)

• Modélisation de réseau de régulation en médecine (VIH et p53-Mdm2)

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Yann Ponty (Univ. Paris VII, ANR GAMMA)

• Prédiction grande échelle des interactions protéine/protéineà la prédiction grande échelle des interactions protéines/protéines

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Robert Bellé (Université Pierre et Marie Curie, Unité Mer et Santé/Roscoff)

• Environnement et cancer: les limites des études

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Benjamin Pfeuty (ERATO Complex Systems Biology, University of Tokyo)

• Modeling G1 phase of mammalian cell cycle: cell fate determination and cancer onset

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J.J. Codani (GenomeQuest)

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GQ for Bio data sheet-1.pdf

(GQ for Bio data sheet-1.pdf - 237.79 Ko)

Aurélie Bornot (Univ. Paris Diderot)

• Outils pour l’analyse et la prédiction ab initio de la relation séquence – structure locale – flexibilité dans les protéines globulaires.

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Jonathan Fromentin (IRCYN, Nantes)

• Modélisation hybride pour les réseaux biologiques à dynamiques oscillatoires: Etudes de propriétés temporelles et qualitatives

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Thomas Henri (MEDIT SA)

• Modélisation moléculaire

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Catherine Boyen (Université Paris VI, Station Bio, Roscoff)

• Le génome de l'algue rouge Chondrus crispus: un nouveau chantier

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Mathieu Giraud (LIFL, Lille)

• Matrices PWM, programmation dynamique générique et calcul sur cartes graphiques

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Said El Yousfi (Compiègne)

• Contribution à l’analyse des réseaux métaboliques à partir des données d’expression de gène : Application à l’analyse du réseau des monocarbones.

Sylvie Ricard-Blum (Institut de biologie et chimie des protéines, Lyon)

• Le réseau d’interactions de l’endostatine, un inhibiteur de l’angiogenèse

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Gwenael Piganeau (Observatoire océanologique de Banyuls-sur-mer)

• Genomic and Metagenomic insights into the lifestyle and the diversity of small planktonic species

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Séminaire de Frédérique Raimbault (UBS, Vannes)

• Frédéric Raimbault

  De nouveaux outils pour les applications data-intensive

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Séminaire de Rayan Chikhi (EPI Symbiose, INRIA Rennes) 5 Novembre Salle Aurigny

• Rayan Chikhi

  Computational Methods for De Novo Assembly of Next-Generation Sequencing Data

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Soutenance de thèse de Van Hoa Nguyen (EPI Symbiose, INRIA Rennes) 12 Novembre - salle Métivier

• Van Hoa Nguyen

  Traitement parallèle des comparaisons intensives de séquences génomiques

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Séminaire de Claire Lemaitre (Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB)) 19 Novembre - salle Aurigny

• Claire Lemaitre

  Réarrangements chromosomiques dans les génomes de mammifères : détection et caractérisation des points de cassure.

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Séminaire de Fariza Tahi (IBISC, Évry) - 3 Décembre 10h30 - salle Aurigny

• Fariza Tahi

  Tfold, an algorithm for predicting non-coding RNA secondary structures

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Séminaire d'Antonio Mucherino (LIX, Palaiseau) - 10 Decembre - salle Aurigny

• Antonio Mucherino

  Recent Developments on the Molecular Distance Geometry Problem

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Séminaire de Benoît Masson (INRIA Rennes - EPI Districom) 17 Décembre - Salle Aurigny

• Benoît Masson

  Algorithmique des pavages auto-assemblants

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Transparents

(transp.pdf - 2.70 Mo)

Autres manifestations

Diverses manifestations portant sur la bioinformatique à Rennes et aux alentours

7èmes rencontres autour de la plate-forme bio-informatique

Au cours de cette journée scientifique, vous pourrez : * Connaître les dernières évolutions matérielles et logicielles de la plate-forme bio-informatique, * Assister à des conférences invitées. Le thème central de cette journée est "Bio-informatique et Biologie Structurale. Il sera abordé notamment dans le cadre des conférences invitées.

• Programme

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Soutenance de thèse de Jérémy Gruel (EPI Symbiose, INRIA Rennes)

• Jérémy Gruel

  From biological data to molecular modelisation; application to TGF-beta signaling and hepatic fibrosis

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