Réarrangements chromosomiques dans les génomes de mammifères : détection et caractérisation des points de cassure.

Claire Lemaitre

Les réarrangements chromosomiques sont des mutations du génome qui
affectent des segments d'ADN de taille variable, allant de quelques
paires de bases à des chromosomes entiers. Ces derniers peuvent être
perdus ou dupliqués, modifiant ainsi le contenu du génome, ou bien
être déplacés ou inversés (ce sont les inversions, translocations et
transpositions), modifiant ainsi l'ordre des éléments le long des
chromosomes et perturbant l'organisation fonctionnelle du génome. Nous
nous sommes intéressés dans ce travail aux réarrangements évolutifs
observés entre les génomes de mammifères et plus particulièrement aux
régions du génome qui ont subit de tels évènements : ce sont les
points de cassure.
Je présenterai, dans un premier temps, la méthode que nous avons
développée qui permet de localiser précisément ces régions sur un
génome par comparaison avec un génome d'espèce différente.
L'originalité de la méthode développée est de procéder en deux étapes.
Dans la première, on identifie des blocs de synténie fiables entre
deux génomes, c'est-à-dire des paires de régions contigues sur les
deux génomes qui sont orthologues et n'ont pas subi de réarrangement;
ces derniers définissent à leurs extrémités des points de cassure qui
seront ``affinés'' dans la deuxième étape. Nous montrons que cette
méthode améliore nettement la résolution des points de cassure par
rapport aux méthodes existantes.
Dans un deuxième temps, je pésenterai les principaux résultats que
nous avons obtenus en analysant le contenu des séquences de points de
cassure et leur répartition. En particulier, nous avons identifié
plusieurs caractéristiques de séquence dans les points de cassure chez
l'homme, telles que la perte de similarité avec les génomes comparés
et la présence de duplications et d'éléments transposables. Enfin,
nous montrons que les points de cassure ne sont pas répartis
uniformément le long du génome humain, mais leur localisation est
fortement influencée par l'organisation des gènes et la structuration
du génome en isochores.