Séminaires Bioinformatique

Lieu des séminaires :

INRIA Rennes - Bretagne - Atlantique

Réunion ACI Genoto3D

4èmes Rencontres autour de la plate-forme bio-informatique

L'occasion de connaître les dernières évolutions matérielles et logicielles de la plate-forme bio-informatique ; d'écouter les exposés de projets scientifiques qui utilisent les services de la plate-forme ; d'assister à des conférences invitées, et enfin d'échanger avec les responsables d'autres plates-formes.

• Jacques Nicolas (IRISA / Symbiose / Plate-forme bio-informatique OUEST-genopole®)

  Fonctionnement de la plate-forme bio-informatique OUEST-genopole®

• Anthony Assi (Plate-forme bio-informatique OUEST-genopole®)

  Genocluster : Haute Performance pour le traitement de données biologiques

• Olivier Filangi (Plate-forme bio-informatique OUEST-genopole®)

  Biomaj : Mise à disposition et mutualisation inter plate-forme des banques de données

• Catherine Letondal (Institut Pasteur)

  Une approche interdisciplinaire de la bioinformatique à l'Institut Pasteur : conception participative et programmation par l'utilisateur

• Christine Froidevaux (Laboratoire de Recherche en Informatique)

  Vers une annotation semi-automatique de génomes bactériens

• Antoine De Daruvar (Centre de Bio-informatique de Bordeaux)

  Intégration des données de génomique fonctionnelle

• Xavier Bailly et Philippe Picouet (ENST Bretagne)

  BioSide : un environnement pour les programmes bioinformatiques dédié aux biologistes

• Emeric Dubois (Plate-forme Transcriptome de Nantes)

  MADCOW : Outil d'étude des coexpressions de gènes pour l'annotation fonctionnelle

• Mélanie Trépos (Inserm U.625 GERMH)

  Importance des oestrogènes chez le mammifère mâle : l'exemple des canaux efférents

• Emmanuelle Morin (Station Biologique de Roscoff)

  Les activités de la plate-forme bio-informatique à Roscoff

• François Moreews (INRA / SIGENAE )

  Système d'Information du projet d'Analyse des GENomes des Animaux d'Elevage

Liens

Programme

Inscriptions

Journées Thématiques Bioinformatique

Dans le cadre de l'animation de Ouest-Genopole, le projet de binformatique (Symbiose) de l'Irisa organise des journées thématiques à destination des biologistes et informaticiens du Grand-Ouest.

Elements transposables

• Christian Biemont ( UMR CNRS 5558 Lyon 1)

  Dynamique des éléments transposables dans les génomes et les populations

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• Pierre Capy (labo PGE, Université Paris XI)

  Dynamique des éléments transposables: premières étapes d'invasion et évolution à long terme

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• Marie Angèle Grandbastien (INRA, Versailles)

  Interactions hôtes-transposons et biodiversité végétale

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Slides(Grandbastien).pdf

(GBastien.pdf - 835.09 Ko)

Liens

Plan d'acces du CAREN

Séminaire du projet Symbiose

Séminaire de bioinformatique de l'Irisa. Le public est constitué du projet symbiose et de différents membres de l'Irisa.

Lieu des séminaires :

INRIA Rennes - Bretagne - Atlantique

Aude Liefooghe (LIFL, Lille)

• Localisation à grande échelle de motifs nucléiques décrits par des matrices position-poids

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Slides(Liefoogue)

(aude_rennes.pdf - 525.49 Ko)

Matthieu Defrance (LIFL, Lille)

• Recherche d'éléments régulateurs partagés par un ensemble de gènes

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Slides(Defrance).pdf

(regulation_rennes.pdf - 1.07 Mo)

Mathilde Carpentier (ABI, Paris)

• Méthodes de détection des similarités structurales : caractérisation des motifs conservés dans les familles de structures pour l'annotation des génomes

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Frédéric Bringaud (LGFT, Bordeaux 2)

• Les rétroposons de trypanosomatides: organisation, évolution et domestication

Emmanuel Giudice (Equipe SDM UMR CNRS 6026)

• Simulation moléculaire de processus d'intérêt biologique

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Slides(Giudice)

(Slides(Giudice).pdf - 3.80 Mo)

Claude Rispe (BiO3P, Inra, Rennes)

• Génomique comparative et approches phylogénomiques chez les insectes, à partir de l'étude de collections de séquences courtes transcrites (EST) – exemple du groupe des pucerons.

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Slides(Rispe).pdf

(Slides(Rispe).pdf - 940.34 Ko)

Elise Prieur (ABISS, Rouen)

• Construction directe d'un vecteur de suffixes compact et répétitions maximales

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Slides(Prieur).pdf

(Prieur.pdf - 925.60 Ko)

Hugues Leroy (Symbiose)

• Parallélisation des codes

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Hélène Darolles (Symbiose)

• Synthèse automatique d'opérateurs de traitement sur plateforme FPGA

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présentation (pdf)

(stage_hélÚne.pdf - 580.64 Ko)

Pierre Peterlongo (Symbiose)

• (IRISA)

  Filtrage de séquences d'ADN pour la recherche de longues répétitions multiples

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présentation (pdf)

(nimbus.pdf - 3.45 Mo)

François Boulier (LIFL)

• Élimination différentielle et modélisation en biologie

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présentation (pdf.gz)

(btalk.pdf.gz - 317.95 Ko)

présentation (pdf)

(btalk.pdf - 548.19 Ko)

Adrianna Wozniak (Institut des Sciences Cognitives à Lyon)

• L’unité de sélection et l’unité fonctionnelle dans la théorie synthétique de l’évolution

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transparents (pdf)

(Wozniak-Symbiose.pdf - 174.45 Ko)

Application de la théorie des jeux à l'étude de la dynamique des réseaux moléculaires

• Franck Delaplace (IBISC)

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Analyse Génomique du Développement Cellulaire dans le Système Immunitaire

• Pierre Ferrier (CIML, INSERM U631, CNRS UMR 6102 )

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Décodage local de séquences et application à l'alignement

• Maude Pupin (LIFL)

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Autres manifestations

Diverses manifestations portant sur la bioinformatique à Rennes et aux alentours

Séminaire BioBase

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Conférence OUEST-genopole

• Rumen Andonov (IRISA, équipe Symbiose)

  Optimisation combinatoire et comparaison de structures protéiques

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