Méthodes de détection des similarités structurales : caractérisation des motifs conservés dans les familles de structures pour l'annotation des génomes

L'identification des similarités structurales dans les protéines apporte de multiples informations à propos des relations entre les séquences, les structures et les fonctions.
Une méthode de recherche de similarités structurales locales dans une banque de structures a été développée. Elle a permis d'établir une procédure de classification des structures en familles. Les blocs structuraux conservés parmi les structures de même famille peuvent ensuite être définis. Trois méthodes de comparaison multiple et locales de structures ont été mises en place, chacune répondant à des critères différents. Elles ont été utilisées pour déterminer des blocs structuraux locaux communs aux protéines d'une même famille.

Ces blocs structuraux communs constitueront une base pertinente de "coeurs" destinée à être intégrée dans un logiciel de reconnaissance de repliement ("threading"). Cette méthode de prédiction des structures protéiques uniquement à partir de leurs séquences peut être utilisée à des fins d'annotation de séquences inconnues, les similarités identifiées pouvant être indécelables par les méthodes utilisant seulement l'information de séquence. L'analyse de ces blocs structuraux apportera aussi de nombreuses informations quant à la conservation de la structure des protéines.