Génomique comparative et approches phylogénomiques chez les insectes, à partir de l'étude de collections de séquences courtes transcrites (EST) – exemple du groupe des pucerons.

La génomique comparative et la phylogénomique permettent de retracer l'histoire moléculaire des espèces avec un saut d'échelle par rapport aux approches traditionnelles (notamment les approches phylogénétiques basées sur un seul ou un petit nombre de gènes). Ces approches permettent une description bien plus globale des patrons évolutifs parfois variables des séquences appartenant à différentes catégories de fonctions. Cependant, la connaissance du génome requiert un investissement lourd, et des approches partielles comme celles basées sur les collections d'EST peuvent permettre d'entreprendre des comparaisons sub-génomiques déjà très riches. Cet exposé tentera d'en fournira un exemple pour le groupe des pucerons.

Le génome du puceron du pois, /Acyrthosiphon pisum/ sera connu prochainement (en 2006), tandis que des collections de séquences courtes transcrites (EST) existent déjà pour plusieurs espèces. Celles-ci permettent de reconstituer une fraction significative du génome codant. Ces reconstitutions permettent dès maintenant :

1- d'étudier les patrons globaux des séquences codantes comme la composition nucléotidique et les l'utilisation des codons synonymes, en reliant les variations observées au catégories fonctionnelles des gènes. Ces variations sont révélatrices de pressions mutationnelles ou
sélectives particulières.

2- d'identifier des familles de gènes caractérisées par des duplications avec divergence évolutive des copies plus ou moins marquée. Pour une famille particulière de protéases, le niveau de duplication est particulièrement élevé et révèle une histoire évolutive spécifique au
groupe des pucerons, en lien probable avec leur adaptation alimentaire (sève des plantes).