Le projet BioWorkFlow

Marc Wessner (Inra, Jouy)

La communauté bioinformatique s'intéresse de plus en plus aux problématiques de construction et d'exécution de " workflows ". La première phase du projet BioWorkFlow est d'évaluer les solutions de déploiement de Web Services ainsi que les applications dédiées à la création de "workflows".
Les questions posées par cette étude sont multiples : quels sont les points forts et les points faibles de ces logiciels ? Quels sont les coûts humains associés à leur déploiement et leur maintenance ? Les technologies sur lesquelles elles se basent, sont-elles standardisées et pérennes ? Quel est leur degré de maturité ? Quelle est la fiabilité des services proposés ?
La méthode QSOS et ses outils (l'éditeur XUL et le serveur Web O3S) ont été retenus pour le projet. Simple et pragmatique, elle rationalise une évaluation dont la pertinence pourrait souffrir d'une vision par trop subjective.
Les résultats présentés concernent principalement les solutions serveur (Soaplab, playMoby et SRS) mais aussi quelques client encore en cours d'évaluation (Taverna, Kepler...).

Une vision globale du projet myGrid

Franck Tanoh (myGrid Team, Manchester, UK)

Dans cet exposé, je présenterai le projet myGrid, ses objectifs et ses différents composants. Plus précisément, myGrid a un ensemble de composants destinés à soutenir la réalisation d’expériences in silico en Biologie. Il englobe :
-Taverna, un logiciel pour la conception et l’exécution de workflows, la gestion de données, de metadonnées, la découverte et l’utilisation des web services.
-myExperiment, permet à la communauté scientifique d'échanger et de réutiliser les workflows, favorisant ainsi la collaboration et l’échange d’expertises entre Scientifiques.

Projet BioSide: partager les compétences sur l'usage des ressources bioinformatiques

Philippe Picouet (LUSSI, ENST Bretagne)

Pourtant rendue indispensable par la production intensive de données, l'utilisation des ressources bioinformatiques se heurte à deux écueils: d'une part la difficulté de rendre ces ressources, souvent très spécialisées, accessibles à l'ensemble de la communauté, et d'autre part, la difficulté de former efficacement cette communauté. Ce constat n'a rien d'étonnant au vu du spectre couvert (biologie, mathématiques, informatique). ll justifie pleinement les nombreux travaux visant à faciliter l'accès et l'utilisation de ces ressources, mais nécessite d'investir également sur des approches permettant d'augmenter les connaissances de l'ensemble de la communauté sur l'utilisation de ces outils.
Actuellement en cours d'évaluation à la station biologique de Roscoff, la plateforme développée dans le cadre du projet BioSide s'adresse à l'ensemble des acteurs de la bioinformatique, et en particulier le biologiste. En plus de faciliter l'accès et le paramétrage des ressources, BioSide leur propose des services à forte valeur ajoutée, telle que la traçabilité et la reproductibilité des workflows. Enfin, un site web permet de partager et d'indexer ces workflows pour faciliter le partage de connaissance au sein de la communauté.
Initié dans le cadre du projet Genomer, puis soutenu par OUEST-genopole(R), le projet BioSide, mené en coopération entre la station biologique de Roscoff et TELECOM Bretagne, fait désormais l'objet d'un financement de la région Bretagne. Le prototype, actuellement en version monoposte, sera disponible en version client serveur en juin 2008.