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Mathilde Carpentier

Le nombre structures protéiques résolues a considérablement augmenté ces dernières années et ces structures ont été classées en familles structurales. Pour déterminer ce qui est conservé entre les structures d'une même famille, il est nécessaire de développer des méthodes de comparaison multiple de structures.
Pour l’instant, les méthodes développées alignent chaque paire de protéines puis construisent un alignement multiple à partir des alignements de paires. Or, il n’est absolument pas certain de trouver l’alignement multiple optimal à partir de l’alignement des paires. Nous avons donc développé deux approches, l’une heuristique et l’autre non, pour résoudre ce problème d’alignement tout en étant réellement multiple.
Je vous présenterai ces deux approches ainsi que le contexte biologique et les question auxquelles nous voulons répondre grâce à ces méthodes.